2017年4月中旬，复旦大学大数据研究院召开学术委员会会议，审议并通过成立三个新的研究所，分别是人文社会科学数据研究所、碳排放与环境大数据研究所、医学影像智能诊断与医疗信息学研究所。
复旦大学大数据研究院自成立以来，面向产业应用，着力建设产学研一体的创新平台，目前已经产出了聚焦社会微治理、凝聚产业新动能的多项创新成果。目前，复旦大学大数据研究院已成立的十个研究所包括：电力大数据与智慧能源研究所、人口大数据与公共治理研究所、网络空间安全战略研究所、电磁大数据与遥感智能研究所、复旦-中植大数据金融与投资研究所、人工智能与深度学习研究所、大数据理论与技术研究所、人文社会科学数据研究所、碳排放与环境大数据研究所、医学影像智能诊断与医疗信息学研究所。